对于新疆叛军首领阿古柏，作为大清顶级官员，吴可自然通过朝廷了解其出身以及侵占新疆的详细过程。
1820年，阿古柏出生于塔什干附近的一个村子里，其父伊斯迈特·乌拉，在村中负责替病人诵古兰经祈福。出生后不久，其父母离异，幼小的阿古柏跟随改嫁的母亲，其继父是村中的屠夫。数年之后，其母亲死去，阿古柏成为了孤儿，流落塔什干街头。
少年阿古柏面容姣好，被街头艺人收留，学到了精湛的舞艺。大约10岁的时候，他成为了一名“巴特恰”，也就是男扮女装的舞童。不久一名路过塔什干的浩罕官吏看中了他，将其收为自己的**，带回首都浩罕城，并将其转送给穆罕默德·卡里姆·卡希卡，马达里汗的侍从官。
1842年，马达里败于布哈拉汗国，战死沙场。布哈拉进占浩罕城，全国一片混乱。时任浩罕阿奇木伯克的卡希卡也加入对汗位的角逐中。很不幸，他失败了，而且丢掉了性命。
已经长大成人的阿古柏随即回到家乡投奔塔什干伯克纳尔·穆罕默德·库什，并将美丽的同母妹妹献给了库什，这样他获得了成为库什副官的机会。不久以后库什派其出任五百人长，负责镇压塔什干境内的哈萨克人起义。
阿古柏骁勇善战，屡立战功，1860年左右，晋升为阿克麦吉特（今纳罗夫斯基）伯克，成为拥有自己势力的一方诸侯。从此时起，当地百姓尊称阿古柏为“雅霍甫伯克”。
1864年，新疆民乱，库车、和阗、喀什、吐鲁番等地先后建立了地方割据政权，与清兵互相攻伐，局势混乱。占据喀什旧城的柯尔克孜伯克司迪尔（思的克）自立为“帕夏”，为了树立威信，决定派手下金相印去浩罕城迎回大和卓曾孙，号称“圣裔”的布素鲁克，立为傀儡。
1865年春，浩罕阿力木库尔汗派阿古柏率领50名骑兵护送布素鲁克去喀什。
一到喀什，布素鲁克和阿古柏便组织兵变，将司迪尔逐出喀什。3月，司迪尔率7000余柯尔克孜兵回袭喀什。阿古柏此时显露出了超群的军事指挥能力，仅率100名骑兵夜袭敌军，击溃了司迪尔。
接收了司迪尔势力的阿古柏迅速组建了数千名士兵的军队，1864年4月11日攻克了英吉沙，并将司迪尔残部彻底逐出新疆。
在阿古柏扶持下，布素鲁克（布士尔克）于1865年4月建立了“哲德沙尔汗国”，意即“七城汗国”，表明一统回部七大城（一般认为是喀什、英吉沙、叶尔羌、和阗、阿克苏、库车、乌什）的野心。
4月下旬，阿古柏约叶尔羌阿奇木伯克尼亚孜为内应，偷袭叶尔羌，在巷战中失利。回军途中又遭遇库车和卓热西丁的军队，在罕南力克战役中复大败逃回喀什。阿古柏于是调整战略重点，转而攻击仍在清军守备下的喀什汉城。
1864年9月1日，清军守备何步云投降献城，清喀什噶尔办事大臣奎英举家自杀，残部被迫皈依***教。
1867年，浩罕被俄国支持的布哈拉汗国再次战败，丢失塔什干，约7000名残部在玉努斯江率领下逃入新疆投奔同族阿古柏。得到这支生力军的阿古柏实力大增，连克叶尔羌、和阗。
就在此时，布素鲁克在喀什发动兵变，希望摆脱阿古柏，坚守41天后失败，阿古柏发动政变，把布素鲁克（布士尔克）逼下宝座，送去阿拉伯半岛麦加朝圣。
之后阿古柏立波罗尼都之子萨木克长子玉素甫的之子，亦是布素鲁克的堂兄买买提明即位，号称“卡塔条勒（卡塔尔勒）”。
第二年，由于卡塔条勒也不安心做傀儡，故当傀儡还不到4个月就被阿古柏暗中毒死。同时经过反复争夺，阿古柏终于击败了热西丁，夺取了阿克苏，统一了除库车之外的南疆。
1867年5月，随着阿古柏的不断胜利，他觉得不再需要傀儡了，于是他宣布取消“哲德沙尔汗国”，建立“洪福汗国”（又称“毕杜勒特汗国”），自封为“巴达吾来特哈孜(Badaul-etQazi)”，即汉文史籍上的“毕杜勒特”（英语：Badaulat，或译为“毕条勒特”，“毕调勒特”，意即“洪福之王”）。5月，攻占库车、库尔勒，侵占南疆。
“洪福汗国”以***教法典“沙里阿特”作为最高法律，在各地设立宗教法庭，强迫异教徒改信***教。其所占各地分为设立伯克作为当地军政长官，该政权对农民采取重税政策。
1868年，英国派遣特使会晤阿古柏，承认其政权，次年阿古柏也派亲信米尔扎·沙迪赴印度会见英国总督，争取英国支持。英国决定向其赠送大批军火，并允许其在印度招募工匠回喀什设立军工厂。
1870年，俄国也派人前往喀什会晤阿古柏，承认其政权。不过总体来说，在这一时期，英国仍然是阿古柏的主要支持者，期望能够通过支援阿古柏将俄国的扩张阻止在天山以北。
在得到大批先进装备后，阿古柏于1870年5月攻占了吐鲁番，切断了北疆和河西走廊的联系，并收降了以白彦虎为首的陕甘回族叛军残部，实力进一步增强。到1871年底为止，迪化、玛纳斯、鄯善先后被阿古柏攻克，同时俄国为阻止阿古柏进一步扩张，出兵占领伊犁，
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